2007年，黄山市举行中学生田径运动会，首次设立竞走项目；8月，父亲吕锦荣把吕秀芝送进黄山市业余体校进行专门训练。
2008年市里教练推荐吕秀芝到江苏淮安体校跟田径安祥德教练接受竞走专业训练，吕锦荣夫妇也跟着女儿到了淮安，边打工边陪读。
2010年在全国竞走锦标赛暨世界杯选拔赛中，吕秀芝获女子少年组第3名，达到国家一级运动员标准；2011年3月11日至13日，在第七届全国城市运动会竞走预选赛暨全国竞走大奖赛中，吕秀芝又以1小时32分31秒的优异成绩一举摘得女子青年组20公里冠军；同年6月吕秀芝正式进入国家队；从奥运冠军教练张阜新。
2013年5月12日在第十二届全运会上女子20公里竞走中，以1小时27分53秒的成绩获得冠军。
2014年2月获得全国竞走大赛女子组冠军，9月28日在仁川亚运会上以1小时31分钟06秒拿下女子20公里项目金牌。
2015年8月28日在北京进行的2015年世界田径锦标赛女子20公里竞走决赛中以1小时27分45秒获得亚军。
2016年8月20日，里约奥运会女子20公里竞走决赛中，吕秀芝以1小时28分42秒的成绩获得铜牌。
